Le 13 septembre 1827, le fort devient l’hôtel du gouvernement. En 1840 Le premier conseil général est créé.
Jusqu’alors carrefour économique, Saint-Louis devient alors capitale politique du Sénégal.
En 1848, l’abolition de l’esclavage conduit la France à douter de l’utilité de conserver ses deux bastions sénégalais : l’île de Gorée et la ville de Saint-Louis. Mais la politique expansionniste de l’Angleterre amène le gouvernement de Napoléon III à écarter l’idée d’abandon.
Louis Faidherbe, officier du génie sorti de Polytechnique, devient gouverneur de la colonie en 1854. Le pays se caractérise alors par des luttes intestines. Avec une poignée d’hommes et un matériel militaire réduit, Faidherbe entreprend sa réunification. A Saint-Louis il entreprend la jonction de l’ile aux deux rives du fleuve.
En 1865 est construit le pont Faidherbe qui relie le quartier continental de Sor à l’île. Le pont Servitius (actuel Malick Gaye) et le pont de la Geôle qui donnent quant à eux accès aux quartiers de Guet-Ndar et de Ndar-Toute ainsi qu’a l’océan sont réalisés vers 1856. Grâce a ces installations, la cité ne cesse dès lors de s’élargir en dehors de l’île. Faidherbe met en place également un dispositif de sécurité autour de l’île en créant des tours de guet a Ndiago, Gandiol et Ndialakhar.
Enfin, il passe à une attitude de conquête territoriale en direction notamment du Walo (annexé en 1858), du Fouta, du Djoloff et du littoral. En 1872, la ville est érigée en commune de plein exercice.